水資源短缺、水環境污染、水生態退化日趨嚴重，已經成為社會經濟發展的瓶頸之一。水生態保護與修復，應該與水資源管理、水環境綜合治理協調發展。具體落實在水生態修復規劃編制上，水生態修復規劃應服從流域綜合規劃、水資源保護規劃并與其它相關規劃協調與銜接。

　　水生態修復規劃應服從流域綜合規劃。《中華人民共和國水法》規定：“開發、利用、節約、保護水資源和防治水害，應當按照流域、區域統一制定規劃。規劃分為流域規劃和區域規劃。流域規劃包括流域綜合規劃和流域專業規劃；區域規劃包括區域綜合規劃和區域專業規劃。”

　　“流域范圍內的區域規劃應當服從流域規劃，專業規劃應當服從綜合規劃。”水生態修復規劃屬于水資源保護專業規劃，應服從流域綜合規劃的基本原則和要求。流域水資源合理配置是流域綜合規劃的重要內容之一，其核心是科學地配置流域內生活用水、生產用水和生態用水，堅持水資源的可持續利用，促進社會、經濟和生態環境協調發展。

　　水生態修復規劃應服從水資源保護規劃。《全國水資源保護規劃》按照“以人為本”“人水和諧”和“水量、水質、水生態”并重的原則，以水功能區為主線，建立、健全水資源保護與河湖健康保障體系。規劃全面調查和科學評價了我國水資源保護現狀和存在的主要問題；提出了我國今后一個時期水資源保護的戰略目標和主要任務；針對近、遠期保護目標，提出了包括水功能區排污總量控制方案、入河排污口布局與整治、飲用水源地保護、生態需水保障、水生態保護與修復、地下水保護、水資源保護監測以及水資源保護綜合管理等規劃措施；提出了重點流域區域綜合治理措施規劃；提出了規劃項目、投資規模、近期重點實施安排以及保障措施。